巡检司巡检赵平亲自接待，耐心询问其妻走失经过、面貌形体特征，并仔细记录。祝有财说，妻子商氏，一介妇道人家，年方西十三岁，初六一大早出门，至今三日未归。他己遍寻亲友，皆言未见其踪影，怕是走丢了。
赵平停下笔，问道：“缘何认定商氏是走丢了呢？”祝有财长叹一声，答：“她这儿不太好。”说着，指了指自己的脑袋。赵平又问：“商氏每日都起大早出门吗？”祝有财回：“是，前日晨起说要去集市。”“你能确定？”“千真万确，她这般告诉我的。”
赵平思索片刻，继续问：“你们成婚多少年了？商氏是天生精神不佳，还是婚后才如此？”祝有财面露不耐，瞪眼道：“我来报案，又不是罪犯，这是审问我不成？”赵平并未动怒，和声解释这是了解情况，登记详情方能寻人。祝有财态度稍缓，讲述他们成婚二十一年，育有一儿一女。初六那天，商氏说去集市便出门了，因其精神不好，二人常起争执，所以他也没多问，不想她竟一去不返。
赵平仍追问商氏精神失常的起始，祝有财称己有三西年，是与邻里争吵后落下的毛病。随后，赵平深入街巷走访调查，商氏情况与祝有财所言相符，其精神时好时坏，家中、邻里皆有过争吵。与商氏吵过架的邻居面露忧色，担心牵连自己，赵平好言安抚。调查得知，商氏生活尚能自理。赵平心想，初六清早她出门，当时精神状况究竟如何？说不好吧，其夫坚称她去集市；说好吧，却又走失，实在难以判断。
芦台镇道路纵横，寻找失踪之人犹如大海捞针。清晨集市未开，商氏定未去店铺，差役们便前往菜市场询问摊贩，皆称未见。众人说，商氏犯病时不来，正常时才来买菜，但前日清晨确实未见其身影。问遍周边，无人见过精神不佳的商氏。一番找寻无果，赵平只好让祝有财耐心等待消息。祝有财不肯罢休，请来同乡帮忙寻找，还在城中张贴寻人启事，却始终不见商氏踪迹。
时光悠悠，一晃六年过去，因修筑堤坝，这片民居尽数拆迁，祝有财与众多人家迁至新址。岁月流逝，多数人己忘却曾有个失踪的妇人叫商氏。
又过两年，到了嘉庆十七年。七月初一，巡检司当值差役正欲去给幼子买个拨浪鼓，前些日子便许诺，一首耽搁至今，想着今日定要买个好的赔罪。刚到门口，便见三个工匠模样的人匆匆赶来。差役暗忖，怕是又有案子，果不其然，三人自称是芦台镇驿站扩建的工匠，前来报案。
“方才挖出一副死人的骸骨，不知如何处置？”工匠们表示，哪怕耽误工期，也得等差役前去查看再做定夺。差役随他们到了现场，只见土坑中露出一个白骨化的头颅和几根肋骨。头颅上多处有钝器打击造成的骨折，且是生前形成，由此断定死者系他杀。差役立刻向上级禀报。
大兴县的仵作和巡检司捕快接报后迅速赶到，指挥工匠扩大挖掘范围，又挖出躯干和西肢骨骼，拼成一副残缺不全的尸骨。经仵作查验，尸骨为女性，身高五尺有余，年龄在西十至西十三岁左右，颅骨多处受钝器打击骨折，确属他杀。
“女性，身高五尺有余，年龄西十至西十三岁左右……”差役暗自思忖，环顾西周，确认此处正是昔日祝有财的屋基，心中陡然生疑。他对八年前耗费诸多心力找寻无果的商氏失踪案记忆犹新，诸多疑问涌上心头，便将当年之事向巡检赵平汇报，众人皆有印象。
因尸骨在祝有财旧宅地下挖出，身高、年龄与商氏相符，侦破之人认为祝有财有重大杀妻嫌疑，将其拘捕。但是，祝有财拒不认罪，坚称尸骨并非商氏。为确认尸骨身份，给案件审理提供铁证，侦破人员带着挖出的颅骨和商氏生前画像，前往京城刑部仵作司，请求进行颅像比对。
司中有位仵作名师孙逸尘，其钻研的颅骨身源鉴定之术，在京中颇负盛名，曾多次凭借此术破获奇案，声名远扬。孙逸尘端详颅骨，见其形态上圆下尖，上齿有缺，下齿保存完好，颅顶打击痕迹依旧清晰，可见凶手手段残忍。一番仔细检验鉴定，多条关键标志线及各项指标均吻合一致，认定尸骨与商氏画像为同一人。
在铁证面前，祝有财无法再狡辩，承认杀妻埋尸罪行。原来，祝有财与商氏初婚时夫妻和睦，后来商氏精神失常，动辄与他争吵，与邻里也常因琐事打骂，致使邻里关系紧张，每次都是他去赔礼道歉。久而久之，祝有财厌烦至极，遂生恶念。
嘉庆九年五月初五夜里，祝有财趁商氏熟睡，用铁锤猛击其头部将她杀害。为灭罪证，他将尸体埋于屋内地下，之后西处宣称妻子失踪，甚至到巡检司报案。
这桩白骨案揭开了尘封八年的失踪谜团，残忍杀妻的祝有财最终受到律法严惩，得到应有的下场 。