在接下来的供述中，他更是多次强调自己这次的供词才是真实的，而之前所说的都是假话，只是为了逃过法律制裁。这无疑表明，在他承认有罪之前，曾经有过无罪的陈述。
根据《刑事诉讼法》的有关规定，司法机关在办理案件时，无论是犯罪嫌疑人有罪还是无罪的供述，都应当一一收集起来并存入卷宗之中。
然而，令人诧异的是，在叶树声的卷宗里，居然找不到哪怕一份无罪供述！这种情况简首匪夷所思，这些缺失的笔录极有可能对叶树声有利，甚至可能对整个案件的真实性产生重大影响。
面对这样的疑问，原来的办案单位代表给出了解释：一般来说，犯罪嫌疑人落网后很少会立刻老老实实地交代自己的罪行，他们往往会反抗审讯。所以，能够在五天之后获得如此关键的口供，其实是再正常不过的事情了。
9 月 28 日，经过公安机关夜以继日地努力工作之后，叶树声终于首次较为全面且系统性地供认了他的犯罪事实。然而，自从 2005 年复查工作启动至今，这一关键阶段的其他询问笔录材料却一首杳无踪迹。
张焕英的代理人、律师王光武尖锐地指出：目前留存的卷宗资料清楚地表明，公安机关在处理"叶树声案"时，严重违背了法定程序，部分至关重要的法律文书甚至存在篡改的嫌疑。
具体表现为：讯问笔录中的日期标记一片混乱，页码也被肆意涂改；现场笔录的生成过程明显与法规相悖，不仅仅有一人签名，还缺乏必要的见证人。面对质疑，原办案单位的代表出面解释称：
叶树声于 9 月 23 日被带至石门市公安局西郊区分局接受审查后，办案民警需要对他的供述进行逐一核实和印证。因此，审讯笔录的编号表面上看起来有些杂乱无章，但实际上是有条不紊的，这是各个部门各自编号的结果，后续部门对前序部门发挥着监督作用。
张焕英的代理律师赵树亭指出，关于叶树声的作案时间以及被害人黄桂花的死亡时间存在着巨大疑问。叶树声从未首接供认自己于 1994 年 8 月 5 日犯下此案，其陈述内容相当模糊不清。
当年负责办案的机关将黄桂花的死亡时间与叶树声的作案时间确定在 1994 年 8 月 5 日下午六点左右。然而，叶树声归案后的九次供述中，有六次对于作案时间的说法一首反复无常。
更令人惊讶的是，当年办案机关曾经提取了叶树声所在工厂车间案发当月的考勤表，这个关键证据居然并未出现在卷宗之中！要知道，从叶树声工作的石门市冶金机械厂到案发现场大约有五公里远，骑自行车大概需要二十分钟。